Zo zoogeografického hľadiska patrí územie Chránenej krajinnej oblasti (ďalej CHKO) Východné Karpaty do palearktickej oblasti v zóne listnatých a zmiešaných lesov. Územie sa vyznačuje zaujímavou, druhovo pestrou ako aj vzácnou faunou. Historickým vývojom a využívaním krajiny sa vyvinuli jednotlivé živočíšne spoločenstvá, ktoré sú viazané na lesné, lúčne, poľné, vodné a iné typy biotopov.

Územie CHKO Východné Karpaty sa vyznačuje zaujímavou a druhovo pestrou faunou bezstavovcov. Vyskytujú sa tu zástupcovia takmer všetkých významnejších systematických skupín bezstavovcov, najmä z triedy hmyzu.

Podľa analýzy zoogeografického zloženia jednej z najpočetnejších skupín hmyzu-motýľov – patrí najväčší počet druhov k eurosibírskej zložke. Významne sú zastúpené aj druhy orientálnej, holoarktickej a európskej zložky. Z ekologického hľadiska sa najväčší počet druhov motýľov viaže na biotop lestnatého lesa a lesostepi.

Aj keď fauna bezstavovcov tejto oblasti nie je uspokojivo preskúmaná, už doterajšie údaje potvrdzujú prírodovednú hodnotu tohto územia. Z motýľov sú známe napr. spriadač kostihojový (Calimorpha quadripunctaria), ohniváčik veľký (Lycaena dispar) a jemu podobný ohniváčik zlatobyľový (Lycaena virgaure), perlovec krvavcový (Brentis ino), modráčik čiernoškvrnný (Maculinea arion), modráčik Rebelov (Maculinea rebeli), perlovec východný (Arginnis laodice), vidlochvost ovocný (Iphiclides podalirius), vidlochvost feniklový (Papilio machaon).

Z ulitníkov sa tu vyskytujú napr.: pimprlík mokraďový (Vertigo angustior), z kôrovcov rak riečny (Astacus astacus), z lastúrnikov korýtko riečne (Unio crassus). Z chrobákov napr.: fúzač veľký (Cerambyx cerdo), fúzač alpský (Rosalia alpina), bystruška medená (Carabus auronitens) a v súčasnosti hojnejšia modlivka zelená (Mantis religiosa).

Na území CHKO Východné Karpaty sú vodné typy biotopov reprezentované predovšetkým tečúcimi vodami. Väčšina vodných tokov je zastúpená početnými pramennými vlásočnicami, bystrinami a horskými potokmi, ktoré pretekajú lesom alebo otvorenou krajinou.

Dôležitým faktorom pre faunu je dostatočná brehová vegetácia. V jarnom období v čase prívalových vôd, sa v blízkosti tokov vytvárajú rôzne veľké biotopy mŕtvych ramien, ktoré pri priaznivých klimatických podmienkach umožnia v plnej miere rozmnožovací cyklus niektorým živočíšnym druhom.

Z hľadiska chránených druhov stavovcov sa na území CHKO Východné Karpaty vyskytujú:   kunka žltobruchá (Bombina variegata), mlok horský (Triturus alpestris), mlok karpatský (Triturus montandoni), salamandru škvrnitú (Salamandra salamandra). Takmer všetky zistené druhy patria k západopalearktickým druhom, s výnimkou mloka karpatského, ktorý je karpatským endemitom. Chránené druhy plazov napr.: slepúch lámavý (Anguis fragilis), užovka obyčajná (Natrix natrix), vretenica obyčajná (Vipera berus), z cicavcov napr. vlk dravý (Canis lupus), vydra riečna (Lutra lutra), rys ostrovid (Lynx lynx), Z ďalších druhov je vhodné uviesť, ropuchu zelenú (Bufo viridis), ropuchu bradavičnatú (Bufo bufo), hrabavku zemnú (Pelobates fuscus), skokana hnedého (Rana temporaria), skokana ostropyského (Rana arvalis).

Osídlenie územia stavovcami závisí od geografickej polohy, nadmorskej výšky a iných prírodných podmienok. Niektoré druhy vtákov a cicavcov žijú len v pôvodných spoločenstvách, ktoré sú stále vzácnejšie a  ľudskou činnosťou každoročne viac ohrozované, niekedy až likvidované. Ich obnova je nemožná a z ekonomického hľadiska je stále prvoradá preventívna  ochrana. Najohrozenejšou skupinou vtákov sú dravce. V posledných rokoch zaznamenávame ich miznutie zo známych hniezdísk. Sú to predovšetkým haja červená a vzácny je orol skalný (Aquila chrysaetos). Početnejší a na celom území CHKO Východné Karpaty aj rozšírený je orol krikľavý (Aquila pomarina).

Okrem dravcov, aj iné druhy vtákov, v dôsledku premien a obnov v lesných porastoch, strácajú možnosti na hniezdenie, napr.: bocian čierny (Ciconia nigra), ďateľ bielochrbtý (Dendrocopos leucotos), tesár čierny (Dryocopus martius), sova dlhochvostá a muchárik malý (Ficedula parva). V otvorenej poľnohospodárskej krajine zanikajú vplyvom pozemkových úprav biotopy takých druhov ako sú napr.: chrapkáč poľný (Crex crex), prepelica poľná (Coturnix coturnix), dudok obyčajný (Upupa epops). Horské a podhorské potoky sú významným biotopom rybárika riečneho, vodnára potočného (Cinclus cinclus), kalužiaka riečneho (Actitis hypoleucos) a kulíka riečneho (Charadrius dubius). Keďže je aj medzi  cicavcami pomerne veľa chránených živočíchov, vieme o rozšírení niektorých len veľmi málo. Ide predovšetkým o netopiere. Z územia sú známe napr.: uchaňa čierna (Barbastella barbastellus), večernica pozdná (Eptesicus serotinus).

Veľký ekologický význam pre lesné ekosystémy má výskyt veľkých mäsožravcov napr. rysa ostrovida, mačky divej (Felis silvestris), vlka obyčajného a medveďa hnedého, ktorých výskyt je na území CHKO bežný. V posledných rokoch prechádza na naše územie z Poľska a Národného parku Poloniny i zubor hôrny (Bison bonasus) a evidovaný je aj starší údaj o výskyte  losa mokraďového  (Alces alces).

Poškodenie a ohrozenie bioty a biodiverzity, je sprievodným javom činnosti človeka v krajine. Dôsledkom je strata biotopov, znižovanie stupňa ekologickej stability a introdukcia druhov. Veľký vplyv na biodiverzitu má aj nevhodná lokalizácia aktivít v krajine bez zohľadnenia prírodných daností územia a intenzifikácia poľnohospodárstva.